Masjid yang diberi nama “Syuhada” ini terletak di Jln. Dewa Nyoman Oka No. 13, Kotabaru, Yogyakarta, Daerah Istimewa Yogyakarta. Masjid ini didirikan dengan tujuan selain sebagai tempat ibadah umat muslim di sekitar Kotabaru, juga sebagai monumen untuk mengenang jasa-jasa para Syuhada yang telah gugur di medan perang pada saat kemerdekaan bangsa Indonesia sedang diperjuangkan. Selain itu, juga digunakan sebagai simbol kenang-kenangan untuk kota Yogyakarta yang pernah difungsikan sebagai ibukota NKRI.
Masjid Syuhada didirikan di atas tanah wakaf yang berasal dari Kesultanan Ngayogyakarta Hadiningrat. Peletakan batu pertama sebagai simbol permulaan pembangunan masjid dilakukan oleh Sultan Hamengkubuwono IX. Beberapa tokoh penting juga pernah terlibat dengan aktivitas masjid ini, seperti Presiden Soekarno yang pernah memberikan sambutan pada saat peletakan batu pertama dilakukan, kemudian Muhammad Natsir, salah satu tokoh penting Nasional juga pernah menajdi khatib di masjid ini. Lalu Muhammad Hatta juga pernah mengisi acara perkuliahannya di masjid ini.
Tidak hanya itu, ternyata pembangunan masjid ini juga sampai menarik perhatian pemerintah negara Pakistan. Mereka menyumbangkan hamparan permadani untuk menutupi lantai masjid sebagai hadiah dan simbol tentang persahabatan antara Indonesia dan Pakistan, sebagai sesama saudara muslim.
Selain terdapat bangunan utama masjid, ternyata Masjid Syuhada juga telah mengelola beberapa lembaga pendidikan mulai Taman Kanak-Kanak Islam, sampai dengan Sekolah Menengah Islam Terpadu.
Cerita pembangunan masjid ini dimulai pada saat masa penjajahan belanda, sekitar tahun 1940-an. Awalnya, kotabaru ini dihuni oleh mayoritas orang belanda berkulit putih dari kasta atas/ bangsawan. Kotabaru menjadi kota yang bersih, sehat, dan ramai dengan pembangunan-pembangunan infrastruktur oleh penjajah belanda. Kemudian pada tahun 1942 pada saat tentara sekutu berhasil merebut kekuasaan kotabaru, orang-orang belanda kemudian dideportasi dari wilayah tersebut.
Kemudian, pada saat kemerdekaan RI sudah di proklamirkan, komposisi penghuni kotabaru berubah menjadi mayoritas muslim, dan kebutuhan akan tempat ibadah yang nyaman sangat terasa, apalagi pada saat itu belum ada satupun masjid yang didirikan di wilayah kotabaru.
Akhirnya, pada tahun 1949, disaat ada rencana pemindahan Ibukota Negara ke wilayah Jakarta, masyarakat Yogyakarta menginginkan sebuah peninggalan, tapi bukan dalam bentuk patung / benda mati yang tidak memiliki fungsi yang bermanfaat, melainkan sebuah bangunan masjid yang bisa senantiasa digunakan untuk keperluan beribadah.
Pembangunan Masjid Syuhada pun dimulai pada tanggal 14 Oktober 1949,kemudian pada tanggal 17 Agustus 1950 dilakukan penetapan arah dan garis kiblat oleh KH. Badawi. Tepatnya pada bulan September 1950, peletakan batu pertama dilakukan sendiri oleh Sultan Hamengkubuwono IX, selaku menteri pertahanan RI pada saat itu.
Lalu pada tanggal 25 Mei 1952, dilakukan pembentukan resmi sebuah Yayasan Asrama dan Masjid Syuhada (YASMA Syuhada). Akhirnya setelah 2 tahun pembangunan dilakukan, Masjid Syuhada selesai dibangun dan diresmikan pada tanggal 20 September 1952.
Sedangkan untuk ranah Arsitektural bangunannya, Masjid Syuhada mengadopsi beberapa arsitektur dari berbagai negara islam yang ada. Pada kubah masjid bisa kita lihat arsitektural khas negara Persia, dimana kubah yang dibangun berbentuk bundar, dikelilingi oleh empat buah kubah kecil pada empat sudutnya.
Karena memang masjid ini didirikan pada event kemerdekaan Indonesia, tak heran jika arsitekturnya juga banyak yang menyimbolkan hari jadi negara Indonesia tersebut. kita bisa melihat 17 anak tangga dibagian depan sebagai simbol tanggal 17, kemudian delapan segi tiang gapura menyimbolkan bulan 8 (Agustus), lalu empat buah kupel bawah dan lima buah kupel atas menyimbolkan 45 (1945).
