Hadirnya bangunan masjid raya mujahidin Pontianak memang menjadikan daya tarik tersendiri bagi masyarakat sekitar. Bangunan masjid ini disesain dengan gaya masjid Nabawi yang didukung dengan tata ruang memadai. Hal ini menajdikan masjid banyak dikunjungi oleh wisatawan baik muslim ataupun non muslim.
Bangunan Masjid Raya Mujahidin berada di atas lahan sekitar 4 hektar sehingga mampu menampung hingga 9 ribu Jemaah yang datang. Secara umum dibagi menjadi tiga bangunan utama yakni ; pada bangunan utama Masjid memiliki ukuran 60 x 60 meter, sedangkan bangunan menara utama dibangun terpisah dengan bangunan utama, serta area plaza berbentuk segi empat dikelilingi oleh koridor panjang diantara bangunan utama masjid maupun menara utama.
Perpaduan berbagai unsur arsitektur Islami peradaban Islam manapun yang dipadu adanya ornamen khas dari masyarakat Pontianak menjadikan masjid ini terlihat sangat megah. Bangunan utama masjid dibangun dua lantai, untuk ruang sholat utama ada di lantai dua dan lantai dasar digunakan dalam banyak aktivitas pendukung. Jika anda melewati area plaza terdapat tangga besar yang akan menghubungkan menuju ke area sholat yang berada di lantai dua.
Adanya kubah utama yang sangat besar bewarna keemasan adalah sebuah keindahan ditambah dengan mozaik khas Kalimantan yang disematkan dibagian permukaan kubah hingga menghasilkan kubah yang bermotif. Sebenarnya banyak sekali motif kubah yang ada di Indonesia. Diantaranya motif kubah kotak, belah ketupat ataupun motif umum lain yang banyak digunakan oleh masjid-masjid di Indonesia. Namun terkadang, untuk wilayah tertentu, kubah masjid menampilkan motif yang sesuai dengan cirri khas wilayah tersebut. Misalnya saja untuk masjid Pontianak ini membangun kubah masjid yang bermotif seperti cirri khas budayanya.
Mereka memberikan warna emas dan motif batik untuk kubahnya. Sama hal nya dengan kain songket warna emas yang sangat indah seperti pada budaya bangsa melayu. Jika dari kejauhan kubah utama ini akan terlihat seperti kain songket emas yang banyak dikenakan oleh masyarakat Pontianak. Dibagian ujung kubah juga diberikan ornamen sederhana meruncing menyerupai tegaknya hurup alif. Terdapat empat menara yang menjulang tinggi pada keempat penjuru mempunyai bentuk dan tinggi yang sama.
Di bagian ujung menara juga telah dilengkapi oleh kubah bewarna ke-emasan namun tanpa adanya ornamen atau hanya polosan saja. Sama halnya dengan kubah utamanya, di puncak menara juga telah dilengkapi oleh ornamen yang sama dengan kubah utama masjid. Masjid yang memiliki bentuk ini mengingatkan pada bangunan masjid dari dinasti Usmaniyah karena ditandai adanya menara yang menjulang disertai kubah yang memiliki ukuran besar.
Pada sekeliling bangunan utama juga sudah dilengkapi oleh beberapa pilar tinggi yang sangat besar ditambah dengan adanya lengkungan 2 warna. Bangunan tersebut adalah ciri khas bangunan Masjid di Cordova maupun Istana Alhambra. Sedangkan motif khas Kalimantan juga sangat terasa di bagian interior masjid karena adanya balutan warna emas pada setiap mozaik penghias interior masjidnya. Pembangun masjid tersebut juga sangat jeli ketika memadukan berbagai unsur peradaban Islam pada pembangunan masjid ini.
Interior masjid juga terlihat sangat luas dan sejuk. Bagian lantai masjid berupa keramik warna cokelat muda yang menyatu sangat cantik dan warna dindingnya juga senada yakni berwarna emas. Pilar-pilar yang telah menopang bangunan sangat kokoh berdiri. Jika anda menengok ke atas, maka ada kubah megah yang berhiaskan kaligrafi berwarna emas bagian dalamnya. Di tepi bangunan utama juga ada 4 menara yang berdiri.
