Berdasarkan kajian masjid, gaya seni bangunan masjid di Malaysia boleh diklasifikasikan kepada 3 jenis yaitu :
sumber : http://www.hbp.usm.my
1. Masjid Vernakular (abad ke-18 hingga sekarang)
Untuk negara tropika seperti Malaysia di mana hujan lebat dan cahaya matahari yang hangat berlaku sepanjang tahun, reka bentuk masjid vernakular mencerminkan kebanyakan ciri-ciri rumah tradisional Melayu. Gaya arsitektur masjid vernakular dipengaruhi oleh empat faktor utama termasuk keadaan iklim, ketersediaan bahan binaan, ketukangan dan latar belakang etnik.
Terdapat dua jenis gaya seni bina kategori masjid vernakular, yaitu pengaruh tradisional dan serantau. Masjid-masjid tradisional biasanya mencerminkan pengaruh kuat rumah-rumah Melayu, cara hidup dan alam sekitar. Contoh-contoh masjid vernakular dengan pengaruh serantau ialah Masjid Tengkera, Melaka (1728), Masjid Kampung Keling, Melaka (1748), Masjid Lama Kampung Masjid Tinggi, Bagan Serai, Perak (1929) dan Masjid Tanjung Keling, Melaka (1930).
2. Masjid-masjid Kolonial (1795 hingga 1957)
Terdapat beberapa masjid yang dibina semasa pendudukan Inggris di Malaysia antara 1795 dan 1957. Kubah (sama ada berbentuk bawang atau berbentuk atas), menara, lajur klasik, plaster, gerbang yang tajam, batu kunci, pedimen dan penampilan yang dilekatkan pada kornea dan kapital adalah ciri umum yang terdapat di masjid penjajah. contoh, Masjid Sultan Abu Bakar di Johor Bahru, Johor mempunyai empat sayap dengan menara, puncak dan kubah serta unsur-unsur klasik. Satu lagi contoh menarik adalah Masjid Jamek di Muar, Johor yang merupakan gabungan gaya klasik Baroque dan pengaruh Moor. Daripada masjid, bangunan itu menggambarkan bangunan awam yang lazimnya dibina pada abad ke-17 dan ke-18 Eropa yang mempunyai ciri-ciri kompleks dan unsur-unsur hiasan.
3. Masjid Moden (1958 hingga sekarang)
Gaya seni bina masjid modern berubah secara beransur-ansur seiring dengan pembangunan dalam kemajuan struktur, kaedah pembinaan, reka bentuk kontemporari masjid serta peningkatan minat tempatan terhadap seni bina Islam. Dengan kedatangan sains dan teknologi, masjid-masjid modern dibina secara besar-besaran untuk menampung peningkatan jemaah Jumaat. Konkrit, bata, keluli, batu dan marmar biasanya digunakan dalam pembinaan masjid-masjid modern. Bentuk berbentuk kubah atau berbentuk atas, menara tinggi dan siling tinggi adalah ciri umum yang terdapat di masjid-masjid modern. Masjid-masjid modern biasanya menggabungkan unsur-unsur landskap yang direka dengan baik termasuk tumbuh-tumbuhan, ciri-ciri air, turapan bercorak, lampu taman dan papan tanda. Contoh-contoh masjid moden dengan pengaruh Islam ialah Masjid Al-Malik Khalid, Universiti Sains Malaysia, Pulau Pinang (1975), Masjid Sultan Abdul Aziz, Shah Alam, Selangor (1989) dan Masjid Ibai Kampung Cendering, Kuala Terengganu, Terengganu (1994).