Masjid Luar Batang merupakan masjid yang tak bisa dipisahkan dari seluruh sejarah berdirinya kota Jakarta. Di sekitar area masjid terdapat makam seorang ulama besar Indonesia yang bernama “Habib Husein Bin Abubakar Bin Abdillah Al-Aydrus”, atau lebih dikenal sebagai “Habib Luar Batang” pada masa itu.
Bahkan dari zaman dulu, makam Habib tersebut disebut-sebut oleh bangsa VOC Belanda sebagai makam keramat Luar Batang. Detail tahun pembangunan Masjid Luar Batang memang tidak jelas, namun masjid ini di klaim sebagai masjid paling tua di Daerah Khusus Ibukota Jakarta, yang dibangun pada saat Habib Luar Batang masih sugeng (hidup), yaitu sekitar tahun 1730-1750-an.
Ada cerita tutur yang mengatakan kekeramatan Habib Luar batang pada saat wafat, pemerintah VOC pada kala itu melarang pemakaman dilakukan di daerah tersebut, namun harus dimakamkan di sekitar Tanah Abang. Ketika akan dimakamkan, jenazah sang ulama digotong menuju ke pemakaman tanah abang, kemudian hal ajaib terjadi yaitu jenazah tersebut hilang. Kemudian para pelayat pulang lagi ke kediaman beliau dan ternyata jenazah sang Habib masih berada disana.
Penggotongan jenazah dilakukan sebanyak 3 kali, namun hal yang sama selalu terjadi lagi. Akhirnya masyarakat Luar Batang sepakat untuk memakamkam sang Habib di sebelah Musholla yang didirikannya. Sejak saat itu Musholla tersebut lebih dikenal dengan nama “Luar Batang”.
Masjid yang beralamatkan di Jln. Luar Batang, Kampung Luar Batang, Penjaringan, Jakarta Utara ini menurut pemerintah setempat diperkirakan dibangun pada tahun 1739. Dibangun langsung oleh Habib Husein Luar Batang, dengan luas hanya sebesar 6 meter persegi saja. Bangunan masjid ini terbuat dari bahan baku kayu dipoles dengan gaya Khas Betawi, dengan kubah bawang kecil.
Didalam masjid terdapat sebuah ukiran batu yang menjelaskan bahwa Habib Husein Luar Batang wafat pada hari kamis 27 Ramadhan 1169 / 24 Juni 1756. Kemudian diatas pintu masjid tertulis tentang tanggal berdirinya masjid yaitu 20 Muharram 1152 H / 29 April 1739 M.
Setelah 3 abad berlalu dari pendirian masjid, saat ini bekas-bekas peninggalam sejarah masjid tersebut sudah hampir tidak bersisa lagi. Apalagi, sudah dilakukan perombakan total oleh pemerintah DKI pada tahun 1992, dengan merubah seluruh bangunan, termasuk kubah bawang yang dirubah menjadi kubah joglo / kubah limas tradisional DKI Jakarta.
12 tiang yang sebelumnya berbahan kayu dibongkar dan digantikan dengan pilar berbahan beton, sementara lantai yang semula juga dari kayu saat ini dirubah menjadi keramik dan batu granit. Hal-hal yang disisakan pada masjid tersebut hanya bahan bangunan masjid yang terbuat dari kayu jati asli, serta beberapa prasasti di makam Habib Husein Luar Batang.
Meskipun saat ini memang bangunannya tidak klasik / kuno lagi, namun pemerintah DKI Jakarta tetap memberikan mandat tentang pelestarian situs bersejarah tersebut. Karena memang mengandung sejarah yang sangat panjang dari abad ke-17.
Masjid Luar Batang sampai saat ini pun masih seperti magnet yang menarik para wisatawan serta jamaah shalat. Berbagai fasilitas juga turut dilengkapi seperti area parkir yang luas, air bersih untuk berwudlu, serta perbaikan beberapa pelataran masjid yang bisa digunakan untuk sekedar beristirahat.
Makam Habib Husein bahkan tidak hanya terkenal pada kawasan lokal saja, namun banyak dari keturunan Tionghoa yang masih sering berziarah ke makam tersebut. Bahkan, saat ini tidak hanya wisatawan lokal saja yang berkunjung, banyak wisatawan dari Malaysia, Brunei, Singapura, Filipina, Iran bahkan Irak juga sering berziarah untuk mendoakan beliau.
Puncak kekeramatan dan keramaian pada Makam Besar Habib Luar Batang biasanya terjadi pada saat peringatan Maulid Nabi Muhamad SAW dilaksanakan. Sekitar lebih dari 5000 peziarah pasti hadir untuk memeriahkan acara tersebut dengan tradisi khataman dan bersholawat bersama.