Qiblatain sendiri artinya dua kiblat, Masjid Qiblatain ini sebelumnya punya nama yaitu Masjid Bani Salamah. Masjid yang dibangun diatas tanah Bani Salamah ini berlokasi di pinggir jalan kearah kampus Universitas Madinah. Masjid ini juga dekat dengan istana raja arah menuju Wadi Aqiqa atau di utara Harrah Wabrah pada sebuah bukit kecil di Madinah.
Awal kiblat umat Islam adalah Baitul Maqdis atau Masjidil Aqsha di Palestina. Kemudian saat di Madinah Nabi Muhammad SAW sedang lekasanakan sholat, tiba-tiba mendapatkan wahyu untuk menggganti arah kiblat umat Islam ke arah kabah di Mekah sebagaimana tercantum dalam Surat Al Baqoroh ayat 144 di dalam Al Quran.
Pemugaran Masjid Qiblatain dilakukan beberapa kali agar bisa menampung jamaah yang lebih banyak. Raja Fahd ketika menjadi Raja Arab Saudi melakukan perluasan, pembangunan konstruksi yang lebih kuat dan melakukan renovasi Masjid Qiblatain tanpa menghilangkan ciri khas masjid tersebut di tahun 1987. Ciri khas masjid tersebut memiliki dua mihrab yang direnovasi sehingga mihrab yang mengarah kiblat ke Masjidil haram menjadi lebih dominan. Gaya geometri ortogonal kaku dan simetri yang diaplikasikan pada arsitektur mihrab Masjid Qiblatain. Tampak pada menara kembar dengan kubah yang kembar juga.
Arah kiblat yang benar atau kiblat sekarang bisa diketahui dengan keberadaan kubah utama. Kubah kedua adalah sebagai jejak arah kiblat pertama sebelum turunnya wahyu untuk mengganti arah kiblat. Sebelum dipugar oleh Raja Fahd, Masjid Qiblatain dulu pada 893 H atau 1543 M pernah dipugar oleh Sultan Sulaiman terlihat pada replika mihrab tua seperti di masjid kubah batu di Palestina.
Selain untuk beribadah, Masjid Qiblatain menjadi salahsatu tujuan wisata bersejarah yang banyak di kunjungi oleh jamaah Haji dan Umrah diseluruh penjuru dunia. Masjid ini mampu menampung 4000 jamaah dengan luas masjid sekarang 3.920 meter persegi. Masjid ini memiliki dua lantai. Lantai utama atas digunakan sholat untuk jamaah laki-laki, kemudian jamaah perempuan berada dibalkon. Ada juga ruang yang berfungsi untuk menghafal Al Quran. Tempat wudhu berada dibawah dengan kapasitas 80 untuk jamaah laki-laki, 30 untuk jamaah perempuan.
