5 April 2000 merupakan sejarah dimulainya pembangunan Masjid Rahmatan Lil Alamin. Masjid yang berada di Desa Mekarjaya Indramayu Jawa Barat ini memiliki kapasitas 150.000 jamaah. Area seluas 6,5 hektar menjadi salah satu keberadaan bangunan masjid ini dengan memiliki 7 lantai dengan ukuran 99 meter x 99 meter. Lanati ketujuh atau lantai paling atas mampu menampung 4000 jamaah.
Masjid Rahmatan Lil Alamin memiliki 5 buah kubah dengan satu buah kubah besar dan empat kubah kecil mengelilingi kubah besar. Jumlah empat buah kecil ini merupakan simbol dari keempat imam mahzab ahlu sunnah, yaitu Hanafi, Maliki, Safi’i dan Hambali. Kubah kecil juga terdapat pada setiap puncak sudut masjid yang jumlahnya delapan kubah sebagai simbol jumlah penjuru mata angin.
Mihrab yang memiliki tinggi 15 meter membuat jamaah disetiap lantai bisa melihat imam. Materi bangunan diperkirakan tahan ribuan tahun, begitu juga masjid dirancang tahan gempa dengan pondasi baja terbaik yang diimpor langsung dari negara Polandia, Korea dan rusia. Pondasi bangunan dinamakan raft Pondation.
Arsitektur
Arsitektur masjid merupakan kombinasi dari gaya tradisional kotemporer, sehingga gaya arsitektur dari belahan dunia teraplikasikan pada bangunan Masjid Rahmatan Lil Alamin. Seperti lengkungan pada mihrab yang bergaya maqsura masjid Cordoba, sedangkan lengkungan pada empat gerbang utama masjid bergaya masjid di Mesir masa dinasti Fatimiyah.
Menururt rencana masjid memiliki 4 menara, namun saat ini masih dibangun satu menara dengan ketinggian 136,8 meter. Menara masjid Rahmatan Lil Alamin merupakan menara masjid tertinggi di Indonesia. Masjid kampus Al Zaytun ini dibangun dari dana uruna atau patungan.
Pimpinan Al Zaytun berencana menyelesaikan pembangunan masjid Rahmatan Lil Alamin ini dengan dan dari hasil usaha yang dirintis yaitu JAMMAS (Jahe Ma’had Al Zaytun Membangun Masjid) sebuah usah menanam jahe yang nantinya keuntungan untuk membiayai pembangunan masjid satu ini. Pimpinan Al Zaytun juga membuka donasi kepada siapa saja yang mau mendonasikan sebagian hartanya untuk pembangunan Masjid Rahmatan Lil Alamin