Masjid yang didirikan oleh Fatahillah ketika melawan Portugis sebagai penjajah dalam merebut Sunda Kelapa, memiliki nilai sejarah yang sangat penting bagi Indonesia khususnya bagi wilayah Jakarta. Dinas purbakala DKI Jakarta, memberikan informasi bahwa Masjid Al Alam Cilincing dibangun pada 22 Juni 1527 bertepatan dengan hari ulang tahun kota Jakarta.
Masjid yang memiliki saudara kembarnya yaitu Masjid Marunda yang populer dengan sebutan Masjid Si Pitung merupakan masjid tertua yang berada di Jakarta. Pemugaran masjid ini pernah dilakukan pada tahun 1972 oleh Dinas Museum dan Sejarah DKI Jakarta. Gubernur Ali Sadikin pada saat menjabat ini juga menetapkan bahwa Masjid Al Alam adalah salah satu bangunan cagar budaya.
Pada pemugaran yang terjadi selain untuk mempertahankan warisan sejarah dengan menambahkan beberapa bangunan agar bangunan aslinya menjadi kuat seperti menambahkan sebuah dinding dari batu bata namun masih menyisakan dinding aslinya yang terbuat dari bambu. Hingga pada tahun 1989 beberapa fasilitas ditambahkan pada area masjid tersebut seperti tempat parkir,perluasan serambi masjid, toilet, tempat wudhu.
Arsitektur
Masjid memiliki lima pintu yang terdapat pada sisi timur ada sebuah pintu, kemudian sisi utara dan selatan masing masing memiliki dua pintu. Ruang utama masjid memilki ukuran 10 x 10 m, dengan gaya arsitek jawa memiliki 4 soko guru dari kayu jati. Mihrab yang memiliki dinding dari keramik putih terdapat hiasan kaligrafi yang bertuliskan dua kalimat syahadat.
Atap masjid bergaya arsitektur Jawa dengan bentuk limas tanpa langit langit ditutup dengan papan dari kayu yang berplitur. puncak atap masjid dengan gaya puncuk memolo seperti bentuk mahkota raja. Pada sisi masjid ada sebuah ukiran dari kayu yang bertuliskan huruf jawa yaitu ” wasiat Sunan Gunung Jati ” kemudian dibawahnya diteruskan kalimat “Ingsun Titip Tajug lan Fakir Miskin” dengan arti ‘aku tititpkan Masjid dan fakir miskin’.
Masjid Al Alam Cilincing memiliki 8 jendela dengan makna jumlah surga, dan empat soko guru dengan makna iman, Islam, ilmu, dan amal. Pada area masjid juga ada ruang untuk kantor sekretariat Ikatan Remaja Masjid. Pada sisi timur masjid dibangun sebuah pendopo dengan memiliki keramik coklat dan tiang tiang dari kayu yang berhias ukiran. Sumur tua masjid ini juga masih dipertahankan keberadaanya yang dulu sebagai tempat untuk bersuci. Karena memiliki nilai sejarah, maka Masjid Al Alam Cilincing menjadi salah satu tujuan wisata religi dengan banyak pengunjung disana.