Masjid Syaichona Cholil sampai sekarang sangat dijaga dan dihormati oleh warga sekitar sebagai rasa terima kasih pada ulama yang sudah berjasa dalam menyebarkan syiar Islam pada bagian ujung selatan Madura ini. Di dalam masjid ini juga ada makam Syaikhona Kholil. Beliau adalah seorang ulama besar yang sangat karismatik dan beliau juga guru kiai besar di jawa timur. Keelokan dan kemegahan bangunan arsitektur masjid di Mertajasah, Bangkalan, ini menjadikannya sebagai salah satu masjid terindah yang ada di Nusantara.
Bagian dalam bangunan masjid Syaikhona Kholil juga telah dihiasi oleh ornamen-ornamen kaligrafi dan menyebar pada setiap sudut bangunnannya. Masjid dengan kubah berwarna emas dan satu menara ini juga mempunyai halaman yang sangat luas. Selain itu, tersedia juga lahan parkir untuk kendaraan bermotor dan mobil yang mampu menampung hingga belasan bis besar bahkan puluhan motor yang lokasinya tidak terlalu jauh dengan letak masjid.
Suasana religius dan kesan kemewahan pada setiap sudut bangunan sangat segar dipandang. Hal ini terpancar karena hampir bagian sudut bangunan masjid telah dihiasi dengan hiasan kaligrafi yang diukir begitu indah. Sementara pada bagian atap di lantai satu juga ada rangkaian hiasan kaligrafi yang memutari sisi-sisi atap masjid. Dicat dengan warna kuning keemasan juga semakin menambah kemewahan masjid ketika terkena sinar lampu yang sudah terpasang hampir pada setiap jarak 1 m persegi atap masjid tersebut.
Bangunan kubah yang dipilih untuk masjid ini juga termasuk kubah jenis panel enamel. Jenis kubah tersebut dibuat dari plat baja karbon ringan dari jenis spcc-sd. Dengan kata lain sphc yang keduanya mempunyai ciri yang mirip dengan karakteristik enamel. Kubah jenis ini mempunyai ketebalan antara 0,7 mm sampai 1,2 mm. Hal tersebut disesuaikan terhadap luas media panelnya sendiri.
Sementara bila mengacu pada bahan kubah enamel sendiri, maka sejumlah pihak kontraktor mulai berfikir keras dan memperkenalkan bahan enamel produksinya untuk kubah masjid. Kelebihan yang dimiliki oleh kubah masjid dari bahan enamel, juga membuat banyak pengurus masjid mulai tertarik ingin beralih pada bahan ini untuk kubah masjidnya. Bukan Cuma itu saja, warna yang sangat mencolok pada kubah enamel juga menjadi pertimbangan untuk memilih kubah enamel sebagai pelengkap bangunan masjid mereka.
Pada tempat wudhu juga sudah didesain sangat unik yakni (melingkar) yang menjadi daya tarik para pengunjung yang hendak berwudhu disini. Jika umumnya masjid menggunakan desain tempat untuk berwudhu dengan deretan kran yang memanjang ke samping. Hal ini tidak terjadi di masjid ini. Karena tempat wudhu masjid ini mempunyai bentuk yang unik berbentuk melingkar dan terdapat juga tempat untuk meletakkan peci atau kopyah di atasnya. Tempat wudhu ini juga dibangun dengan ukuran yang sangat luas dan mempunyai puluhan kran wudhu.
Masjid ini bukan Cuma dikunjungi para jamaah yang ingin melakukan ibadah shalat. Melainkan juga para jamaah yang ingin berziarah kemakam Syaikhona Kholil. Jadi, jika Anda hendak berziarah kesini, tidak perlu khawatir mencari waktu yang paling tepat. Karena setiap waktu masjid ini selalu terbuka untuk siapa saja yang ingin beribadah dan berziarah ke masjid ini. Namun biasanya masjid sangat ramai dikunjungi ketika malam Senin (minggu malam). Hal itu karena tepat dengan acara istighosah yang digelar. Umumnya para peziarah berkunjung menjelang waktu maghrib. Sehingga sesudah shalat maghrib, peziarah langsung membacakan doa, tahlil, dan yasin hingga waktu shalat isya’ tiba. Usai berziarah, para pengunjung juga dapat membeli oleh-oleh khas dari Madura yang letaknya sangat dekatan dengan lokasi parkir kendaraan. Dengan harga yang sangat terjangkau dan tentunya memiliki kualitas terjamin.
